Ну, я не вижу лучшего решения, это действительно зависит.Но есть несколько вариантов.
Вам не нужно загружать какой-либо старый код платформы .net в .net core для синхронизации с БД, все, что вам нужно сделать, это подключиться из ядра .net к базе данных для загрузки данных.Да, у вас может быть дублирование кода, но по крайней мере ваше решение будет в ядре .net, где вы будете контролировать весь процесс.Кроме того, если вы используете EF, будьте осторожны при загрузке данных и манипулировании памятью.
Второй вариант, который я бы использовал, - SSDT project .Вы напишите процесс преобразования данных, загружающийся из любого источника, который вы хотите, я предполагаю, что он даже поддерживает текстовые файлы.Также он может подключаться к различным поставщикам баз данных, поэтому вы можете загрузить, например, из MySql и записать в SqlServer (в одном из моих проектов я сделал Postgres для mssql).Преимущество этого решения в том, что вы можете легко обрабатывать разные потоки ошибок.
И последняя из них может быть простой хранимой процедурой, если у вас есть базы данных на одном сервере, вы можете создать нового пользователя, который будет иметь права на чтение в DB1 и чтение / запись в DB2, затем используя операторы insert / from или update / from,
Здесь нет серебряной пули, поэтому вам нужно попробовать себя, потому что есть много факторов.