Хотя это и не требуется при использовании Spring Boot версии 2.0.4, мне пришлось вызвать значение параметра PreparedStatementCreatorFactory.setReturnGeneratedKeys (логическое значение) в значение true, чтобы оно работало для последних версий Spring Boot (2.1.1) и базы данных H2 (1.4.197).