Невозможно опубликовать таблицу данных Shiny R - PullRequest
Новая
       111

Невозможно опубликовать таблицу данных Shiny R

0 голосов
/ 20 октября 2018

Это первый проект, который я разрабатываю с RStudio и Shiny.Таким образом, я считаю, что есть некоторая тривиальная проблема, которую я пока не могу понять.

Я пытаюсь опубликовать две большие таблицы в виде приложения Shiny R онлайн, используя shinyapps.io.Код работает хорошо локально, но таблицы не будут отображаться онлайн при публикации.См. Ниже

https://myrmeco -fox.shinyapps.io / Transcriptome_Table /

Мои сценарии выглядят следующим образом: 

require(shiny)
require(DT)
ui <- fluidPage(
  title = "Summary of de novo assembly annotations",
  mainPanel(
    tabsetPanel(
      id = 'dataset',
      tabPanel("Contigs", DT::dataTableOutput("mytable1")),
      tabPanel("Isotigs", DT::dataTableOutput("mytable2"))
    )
  )
)

server <- function(input, output) {
  Contigs<-reactiveValues(Contigs_Table=read.table("Data/annotations_expanded_CONTIGS.txt", header= TRUE, sep = "\t", fill = TRUE, na.strings = c("", "---NA---"), nrows=7467, colClasses="character", quote=""))
  class(Contigs_Table$Length)<-"numeric"
  class(Contigs_Table$Cys)<-"numeric"
  Isotigs<-reactiveValues(Isotigs_Table=read.table("Data/Annotation_summary_expanded_ISOTIGS", header= TRUE, sep = "\t", fill = TRUE, na.strings = c("", "---NA---"), nrows=12538, colClasses="character", quote=""))
  class(Isotigs_Table$Length)<-"numeric"
  class(Isotigs_Table$Cys)<-"numeric"
  output$mytable1 = renderDataTable(Contigs_Table, options = list(pageLength = 5))
  output$mytable2 = renderDataTable(Isotigs_Table, options = list(pageLength = 5))
}

shinyApp(ui, server)

UI 

ui <- fluidPage(
  title = "Summary of de novo assembly annotations",
  mainPanel(
    tabsetPanel(
      id = 'dataset',
      tabPanel("Contigs", DT::dataTableOutput("mytable1")),
      tabPanel("Isotigs", DT::dataTableOutput("mytable2"))
    )
  )
)

SERVER 

server <- function(input, output) {
  source("Data.R")
  class(Contigs_Table$Length)<-"numeric"
  class(Contigs_Table$Cys)<-"numeric"
  class(Isotigs_Table$Length)<-"numeric"
  class(Isotigs_Table$Cys)<-"numeric"
  output$mytable1 = renderDataTable(Contigs_Table, options = list(pageLength = 5))
  output$mytable2 = renderDataTable(Isotigs_Table, options = list(pageLength = 5))
}

ДАННЫЕ 

Contigs<-reactiveValues(Contigs_Table=read.table("Data/annotations_expanded_CONTIGS.txt", header= TRUE, sep = "\t", fill = TRUE, na.strings = c("", "---NA---"), nrows=7467, colClasses="character", quote=""))
Isotigs<-reactiveValues(Isotigs_Table=read.table("Data/Annotation_summary_expanded_ISOTIGS", header= TRUE, sep = "\t", fill = TRUE, na.strings = c("", "---NA---"), nrows=12538, colClasses="character", quote=""))

Я следовал инструкциям нескольких обсуждений, таких как добавление файлов в подпапку (они также загружены) ииспользуя реактивные значения.Я немного изменил синтаксис (с точкой и без нее и т. Д.), Но ничего не получилось.

1 Ответ

0 голосов
/ 24 октября 2018

:) как насчет размещения "/" перед данными?Я предполагаю, что ваши данные находятся в этой подпапке данных?

...