Поиск в Google для java LSI приводит к аналогичному вопросу , который рекомендует SemanticVectors. Пакет, построенный поверх Lucene, «похожий» на LSI. Я не знаю, ближе ли это, чем реализация jLSI.
В этой ветке также упоминается, что LSI запатентована, и ее реализации не так много. Поэтому, если вам нужна стандартная реализация, вам, возможно, придется использовать язык, отличный от java.