Добавьте файлы конфигурации в zip-файл, содержащий бинарный файл Go.
Например, если у вас есть Handler.go с каталогом config, содержащим configs.json, то
go build -o Handler Handler.go && chmod +x Handler && zip -r handler.zip Handler configs
должен сделатьzip, содержащий каталог config и двоичный файл Handler, который можно загрузить в Lambda
Существуют альтернативы использованию файлов, таких как AWS Parameter Store, которые вы можете рассмотреть