Вы пытаетесь добавить задержку, прежде чем что-то делать.Поэтому лучший способ - вызвать функцию и передать селектор и класс для переключения там.Вот так:
function addDelay(selector, toggleClass, delay) {
setTimeout(function () {
$(selector).toggleClass(toggleClass);
}, delay);
}
Затем вызовите функцию так:
$('.navList .li1').toggleClass('li1Active');
addDelay('.navList .li2', 'li2Active', 2000);
addDelay('.navList .li3', 'li3Active', 2000);
addDelay('.navList .li4', 'li4Active', 2000);