Убедитесь, что имена столбцов таблицы в базе данных и столбца в заголовке файла CSV совпадают.Мастер импорта данных таблицы MySQL Workbench не позволяет игнорировать начальные строки.Если проблемы не устранены, я бы предложил выполнить следующий запрос, который должен выполняться быстрее, чем мастер импорта данных таблицы:
load data local infile 'filelocation/filename.csv' into table tablename
FIELDS TERMINATED BY ','
ENCLOSED BY '"'
LINES TERMINATED BY '\r\n'
IGNORE 1 LINES
(col1, col2, col3);