Из вашего вопроса неясно, во что именно вы конвертируете, но мне кажется, что ваше конвертирование может быть немного слишком точным. Я не могу придумать адекватного аналога объекта CDocument в MFC, поэтому вполне вероятно, что использование функциональности CDocument приведет вас к множеству тупиковых и запутанных функций. Возможно, вам лучше переводить на концептуальной основе и деконструировать такие вещи, как вызовы SetModifiedFlag, в их намерения, а не просматривать их один на один.