Исходя из вашего PHP-кода, строка JSON, которая будет получена, выглядит следующим образом
{"id": 123}
Итак, вы можете закодировать ее следующим образом:
$arr['id'] = 123;
$json = json_encode($arr);
или какэто:
$arr = array("id" => 123);
$json = json_encode($arr);