Для большинства настроек локальные переопределяют глобальные.
Существует очень мало настроек, где локальные и глобальные просто объединяются, например remote.origin.fetch.Вы не упоминаете, какую настройку вы используете для этого преобразования, но я предполагаю, что это настройка url.<base>.insteadOf.
Я попытался просто установить одну и ту же настройку как глобально, так и в локальном репозитории,но имея это заменить себя с собой.Это не удалось!(На самом деле я делаю наоборот, начиная с ssh, глобально переключаясь на https и пытаясь переключиться обратно локально.)
Итак, кажется, единственное, что нужно сделать, это выборочно заменитьURL-адреса и не заменяйте тот, который вы не хотите заменять, или временно отключайте глобальную замену на время работы с этим одним хранилищем.