Вы получаете все значения, потому что вы перебираете все значения со всеми другими значениями, то есть 6x6x6 раз.Я понял вашу проблему, вам нужно использовать функцию Zip.
llist = [1,2,3,4,5,6]
boxes = [[0.1,0.2,0.3,0.4],[0.5,0.7,0.8,0.9],[0.7,0.9,0.4,0.2],[0.9,0.7,0.6,0.3],[0.9,0.14,0.6,0.3],[0.9,0.7,0.6,0.13]]
scores = [0.98,0.87,0.97,0.96,0.94,0.92]
k=1;
data = {}
for a,b,c in zip(scores, boxes, llist):
if a >= 0.98:
data[k] = {"score":a,"box":b, "class": c } ;
k = k + 1
for k in data.keys():
print(k , data[k])
ps: избегайте именования переменных с помощью ключевых слов, список - это ключевое слово.Может возникнуть проблема, и вы даже сможете найти причину.