Измените
<span class="custom-control-description">Check this custom checkbox</span>
на
<span class="custom-control-label">Check this custom checkbox</span>
Если вам не хватает метки класса, это не должно быть описание, это должна быть метка.
const checkbox = document.getElementById('checkbox')
checkbox.checked = true
.custom-control-input:checked~.custom-control-label::before {
color: white !important;
background-color: green !important;
}
<link href="https://stackpath.bootstrapcdn.com/bootstrap/4.1.3/css/bootstrap.min.css" rel="stylesheet" />
<label class="custom-control custom-checkbox">
<input type="checkbox" id="checkbox" class="custom-control-input">
<span class="custom-control-indicator"></span>
<span class="custom-control-label">Check this custom checkbox</span>
</label>
Вот примечания к выпуску