Вещи, использующие System.properties, должны иметь свойства, которые имеют глобальное значение для работающей JVM, поэтому, если, например, вы устанавливаете прокси, он должен быть соответствующим прокси во всем этом процессе.
Таким образом, нет необходимости устанавливать их обратно. Фактически, их обратная установка может привести к путанице в некоторых API, так как они могут предполагать, что они всегда возвращают релевантное значение, а не просто кэшируют его, когда читают.
Конечно, если данный API не использует их таким образом, у вас могут быть проблемы, но это действительно будет проблемой с данным API, а не проблемой хорошей практики со свойствами системы.
Как правило, из-за проблем с многопоточностью и синхронизацией рекомендуется устанавливать свойства системы только в начале запуска JVM (либо в командной строке, либо в главном потоке перед запуском других потоков) с ожиданием что значения остаются неизменными в течение оставшегося времени работы JVM.