В Internet Explorer вы можете использовать ссылку на JavaScript, но вы должны установить параметры безопасности в интрасети, чтобы разрешить это.Я не знаю, как сделать это с другими браузерами.
javascript:(new ActiveXObject('Shell.Application')).ShellExecute('shortcut.lnk');
Или
javascript:(new ActiveXObject('Shell.Application')).ShellExecute('pathtoprogram.exe');