Использовать
ffmpeg -i video -i watermark
-filter_complex "[0]scale=min(800,iw):min(800,ih):force_original_aspect_ratio=decrease,
scale=2*trunc(iw/2):2*trunc(ih/2)[v];
[v][1]overlay=x=W-w-10:y=H-h-10" output.mp4
Первый фильтр масштабирования подгоняет видео к холсту 800x800, но пропорционально.Фильтр 2-й шкалы гарантирует, что видео имеет четные размеры, что необходимо для совместимости со стандартным воспроизведением H264.
Наложение изображения накладывается в нижнем правом углу, смещенное на 10 пикселей от обоих краев.