Вы можете передать список массивов в np.unique
:
In [11]: a = np.array([[1, 2], [2, 3]])
In [12]: b = np.array([[5, 6], [1, 3]])
In [13] np.unique([a, b], return_counts=True)
Out[13]: (array([1, 2, 3, 5, 6]), array([2, 2, 2, 1, 1]))
Примечание. Вывод np.unique отсортирован.