Я не уверен, какая форма матрицы вам нужна, но я предполагаю что-то вроде:
[[0, 0, 0], [0, 0, 0], [0, 0, 0], [0, 0, 0], [0, 0, 0]]
, затем код:
import numpy as np
l=5; x=0; z=5; y=np.arange(0,5,0.5)
positions = [[0 for j in range(3)] for i in range(l)]
print(positions)
for i in range(l):
positions[i][0]=x
positions[i][1]=y[i]
positions[i][2]=z