Проблема в том, что зависимость по умолчанию для mongodb, предоставляемая mongodb:
<dependency>
<groupId>org.mongodb</groupId>
<artifactId>mongodb-driver-sync</artifactId>
<version>3.10.1</version>
</dependency>
Не содержит необходимой зависимости для ядра mongodb:
<dependency>
<groupId>org.mongodb</groupId>
<artifactId>mongodb-driver-core</artifactId>
<version>3.10.1</version>
</dependency>
и BSON:
<dependency>
<groupId>org.mongodb</groupId>
<artifactId>bson</artifactId>
<version>3.10.1</version>
</dependency>
После их добавления работает метод aggregate
.Грустно, но верно.