Не уверен, был ли он добавлен после того, как вы опубликовали этот вопрос, но документация действительно отвечает на этот вопрос (хотя, если честно, для меня это своего рода объяснение типа "а?")...)
FWIW, я считаю, что sync также должен иметь флаг --system (я пытаюсь решить ту же проблему, что и вы, со сборкой контейнера, и не хочу поддерживать два отдельных файла: requirements.txt для системы Python контейнера и Pipfile для моего виртуального окружения dev).
Мне кажется, что ваш "хак" в настоящее время является единственно возможным вариантом.