Если вы используете инструмент пакета Visual Studio, вам нужно изменить. Я никогда не использую стандартный мастер упаковки Visual Studio, потому что он слишком неуклюжий. Работает медленно и глючит.
Я использую Innosetup для создания установок с 2004 года, и это мне очень помогло. Даже с .Net 3.5 он может определить, установлен ли он, и установить его, если это не так. Фактически я написал небольшую подпрограмму для надежного определения 3.5 (чего не делал Installshield) с помощью Innosetup.
Я настоятельно рекомендую вам перейти на более качественную программу установки, чем стандартный инструмент.