Я думаю, что вы можете дать инициализированным в конструкторе специальный тег, чтобы отделить их от тех, которые добавляются позже в коде.
public Form1()
{
InitializeComponent();
foreach (Control control in Controls)
{
control.Tag = "FromDesigner";
}
}
Затем в другом классе
Form1 form1 = new Form1();
foreach (Control c in form1.Controls)
{
if (c.Tag != null && c.Tag.Equals("FromDesigner"))
{
}
}