Проблемы с ggplot - как установить полужирный заголовок оси Y, отредактировать заголовок легенды и настроить ширину полос ошибок

Question

Я создал функцию ggplot для построения групп данных, указанных ниже (извините, я не знаю, как разместить файл данных) Есть три проблемы с этим графиком:

1. Заголовок оси Y имеет верхний индекс.Из-за этого он не может быть выделен жирным шрифтом (работает тот же формат для заголовка оси x)

2. Заголовок легенды определен как «Идентификатор группы».Но код использует заголовок столбца «GroupID», игнорируя определение.(Строка кода "scale_fill_discrete (" ID группы ")" должна устанавливать заголовок легенды).

3. Ширина полос ошибок не постоянна, она меняется от точки к точке (это легко заметно длязеленые)

Я ценю любую помощь, чтобы исправить эти проблемы.

Код:

library(ggplot2)

# Colors
Mycolors<- c("blue", "red", "green", "cyan", "orange", "brown", "magenta", "grey", "black")
# Shapes
Myshapes<-c(15:25,0:2)
# Plot position
Mypd <- position_dodge(width = 0.2)

# Read data
mData<-read.csv("F:/user/documents/R/Notebooks/Ggplot/TestData.csv")

pAllGroupData<-function(mData, xLabel, yLabel, gTitle, sTitle, sCaption, yType, gErrType) {

  v <- mData$dMean
  x <- mData$DayNum

    p <- ggplot(data = mData, mapping = aes(x = x, y = v, color = GroupID, shape = GroupID))
    p <- p + geom_line(position = Mypd) +
             geom_point(position = Mypd, size = 4)

  # Plot errorbars  
    if (gErrType == "StdErr") {
      p<- p + geom_errorbar(aes(x = x, ymin = v - mData$dStdErr, ymax = v + mData$dStdErr), width=1.5, position=Mypd)
    } else if (gErrType == "StdDev") {
      p<- p + geom_errorbar(aes(x = x, ymin = v - mData$dStdDev, ymax = v + mData$dStdDev), width=1.5, position=Mypd)
    } else if (gErrType == "IQR")  {
      p<- p + geom_errorbar(aes(x = x, ymin = v - mData$dIQR, ymax = v + mData$dIQR), width=1.5, position=Mypd)
    }

  # Turn Y axis logarithmic and place log ticks
  if (yType == "Log") {
     p<- p + ylim (1, vMax) + # This is to avoid log(0)
      coord_trans(y = "log10") +
      annotation_logticks(sides = "lr", scaled=FALSE)  # ticks are only left and right y axes
  }

  # Plot the graph with theme
  p <- p +
    labs(x = xLabel, y = yLabel, title = gTitle, subtitle = sTitle,  caption = sCaption) +
    # Include origine (0, 0)
    expand_limits(x = 0, y = 0) + 
    # Custom Colors
    scale_colour_manual(values = Mycolors) +
    # Custom Shapes
    scale_shape_manual(values = Myshapes) +
    # Legend Title (not working!)
    scale_fill_discrete("Group ID")

  p <- p + gTheme(p)

  return(p)
}

# Test
p<-pAllGroupData(mData, xLabel = "Days", yLabel = bquote("Volume "~(mm^3)), gTitle = "Study", sTitle = "X", sCaption = "SCaption", yType = "Lin", gErrType = "StdDev")
p

Данные:

GroupID DayNum  n   dMean   dMedian dStdDev dStdErr dIQR
Grp1    13  8   207.03  211.45  13.04   4.61    11.73
Grp1    15  8   288.15  274.40  48.98   17.32   33.25
Grp1    18  8   393.50  381.15  63.63   22.50   52.98
Grp1    21  8   507.63  499.80  73.06   25.83   80.88
Grp1    26  8   636.14  614.65  112.53  39.79   206.53
Grp2    13  8   207.05  205.25  41.00   14.50   72.35
Grp2    15  8   142.76  145.60  27.87   9.85    33.70
Grp2    18  8   77.55   82.55   19.44   6.87    22.88
Grp2    21  8   66.38   69.85   20.56   7.27    23.00
Grp2    26  8   67.05   64.20   29.02   10.26   25.48
Grp2    29  8   66.48   63.85   25.95   9.17    19.38
Grp2    33  8   76.96   74.25   25.31   8.95    28.60
Grp3    13  8   207.94  219.65  34.42   12.17   47.18
Grp3    15  8   149.56  155.25  45.74   16.17   70.68
Grp3    18  8   134.83  128.00  59.10   20.90   66.20
Grp3    21  8   164.99  159.40  67.86   23.99   93.63
Grp3    26  8   149.53  160.05  62.48   22.09   100.58
Grp3    29  8   162.21  184.25  61.21   21.64   113.33
Grp3    33  8   177.19  184.00  68.99   24.39   110.35
Grp3    36  8   192.13  160.25  94.93   33.56   122.30

Answer 1

Желательно разделить ваш вопрос на несколько постов, если у вас есть несколько проблем.Между тем вот моя попытка помочь вам:

Задача 1

Заменить yLabel = bquote("Volume "~(mm^3)) на yLabel = bquote(bold("Volume " ~ (mm ^ 3))) (обратите внимание на bold).Напоминаем, что эта проблема решалась в прошлом здесь , а также здесь

Задача 2

Вы не используете эстетику заполнения, поэтому удалитеscale_fill_discrete("Group ID"), который не имеет никакого эффекта и для каждой вашей эстетики, которую вы фактически используете (цвет и форма), в scale_colour_manual и scale_shape_manual добавьте name = "Group ID" (желаемый заголовок вашей легенды):

scale_colour_manual(name = "Group ID", values = Mycolors) +
scale_shape_manual(name = "Group ID", values = Myshapes)

Проблема 3

Похоже, что об этом сообщали некоторые на GitHub, здесь (ссылка также включает решение)

Подобные вопросына SO: ggplot2 position_dodge влияет на ширину полосы ошибок и Ширина полос ошибок в ggplot2 , причем оба имеют несколько ответов, которые вы можете исследовать.

Итак, вам следует масштабироватьширина строки ошибок до количества строк для каждого DayNum.Поэтому создайте новый столбец в вашем data.frame, скажем width следующим образом:

library(dplyr)

mData <- mData %>%
  group_by(DayNum) %>%
  mutate(width = 1.5 * n())

Затем вам нужно будет сопоставить этот столбец с width эстетикой ggplot, пока вы удаляете любой width атрибут от geom_errorbar.

---

Вот рабочий пример с вашими данными, охватывающий все 3 проблемы.

Ваши данные:

mData <- read.table(
  text = "
  GroupID DayNum  n   dMean   dMedian dStdDev dStdErr dIQR
  Grp1    13  8   207.03  211.45  13.04   4.61    11.73
  Grp1    15  8   288.15  274.40  48.98   17.32   33.25
  Grp1    18  8   393.50  381.15  63.63   22.50   52.98
  Grp1    21  8   507.63  499.80  73.06   25.83   80.88
  Grp1    26  8   636.14  614.65  112.53  39.79   206.53
  Grp2    13  8   207.05  205.25  41.00   14.50   72.35
  Grp2    15  8   142.76  145.60  27.87   9.85    33.70
  Grp2    18  8   77.55   82.55   19.44   6.87    22.88
  Grp2    21  8   66.38   69.85   20.56   7.27    23.00
  Grp2    26  8   67.05   64.20   29.02   10.26   25.48
  Grp2    29  8   66.48   63.85   25.95   9.17    19.38
  Grp2    33  8   76.96   74.25   25.31   8.95    28.60
  Grp3    13  8   207.94  219.65  34.42   12.17   47.18
  Grp3    15  8   149.56  155.25  45.74   16.17   70.68
  Grp3    18  8   134.83  128.00  59.10   20.90   66.20
  Grp3    21  8   164.99  159.40  67.86   23.99   93.63
  Grp3    26  8   149.53  160.05  62.48   22.09   100.58
  Grp3    29  8   162.21  184.25  61.21   21.64   113.33
  Grp3    33  8   177.19  184.00  68.99   24.39   110.35
  Grp3    36  8   192.13  160.25  94.93   33.56   122.30",
  header = TRUE
)

РаботающийПример:

library(dplyr)
library(ggplot2)

# Solves Problem 3 - create helper column width
mData <- mData %>%
  group_by(DayNum) %>%
  mutate(width = 1.5 * n())

Mypd <- position_dodge(width = 0.2)

ggplot(data = mData, 
       mapping = aes(x = DayNum, 
                     y = dMean, 
                     color = GroupID, 
                     shape = GroupID,
                     width = width)) + # map width column to width aesthetic
  geom_line(position = Mypd) +
  geom_point(position = Mypd, 
             size = 2) +
  # width is inherited from the above mapping, no need to map it again
  geom_errorbar(aes(ymin = dMean - mData$dStdDev, 
                    ymax = dMean + mData$dStdDev), 
                position = Mypd) +
  labs(y = bquote(bold("Volume " ~ (mm ^ 3)))) + # Solves Problem 1
  # Solves Problem 2:
  scale_colour_manual(name = "Group ID", values = c("Grp1" = "blue",
                                                    "Grp2" = "red",
                                                    "Grp3" = "green")) +
  scale_shape_manual(name = "Group ID", values = c("Grp1" = 15,
                                                   "Grp2" = 16,
                                                   "Grp3" = 17)) +
  theme_bw()