Вы можете избежать промежуточных файлов, используя демультиплексор concat ffmpeg
# 1 Создать текстовый файл concat
FOR /F "tokens=*" %G IN ('dir /b *.mp3') DO (echo file '%G' >> list.txt & echo inpoint X >> list.txt & echo outpoint Y >> list.txt)
X и Y - начало и конецраз, в секундах.
# 2 Объединить выбранные части
ffmpeg -f concat -i list.txt -c copy -vn out.mp3