К сожалению, я не знаю детальной структуры файла, поэтому я должен немного догадаться, где проблема на самом деле:
Вот код для генерации некоторых папок с общими файлами bz2:
import bz2
import numpy as np
import datetime
import os
startDate = datetime.datetime(2000,5,2,10,15,0,0)
for day in range(5):
theDate = startDate + datetime.timedelta(days=day)
folder = "{}".format( theDate.replace( microsecond = 0 ).strftime("%Y-%m-%d") )
os.mkdir( folder )
data = ""
for k in range(100):
zzz = theDate + datetime.timedelta(seconds=137*k)
data += "{} ".format( zzz.replace( microsecond = 0 ).strftime("%H:%M:%S") )
d = zzz.day
m = zzz.minute
data += " {}\n".format( .17 * d + .003 * m**2 -.001 * m )
myZip = bz2.BZ2File(os.path.join( folder, 'dat.bz2' ), 'w' )
myZip.write( data )
myZip.close()
Эти папки и файлы обрабатывают с помощью:
import bz2
import numpy as np
import datetime
import os
import matplotlib.pyplot as plt
import matplotlib.dates as mdates
"""
SE posts I used
https://stackoverflow.com/questions/1574088/plotting-time-in-python-with-matplotlib
https://stackoverflow.com/questions/11264521/date-ticks-and-rotation-in-matplotlib
"""
def split_data( inData ):
rows=data.strip().split('\n')
rowcol = [x.split() for x in rows ]
x,y = zip(*rowcol)
y = [float(z) for z in y ]
x = [ datetime.datetime.strptime(z, '%H:%M:%S') for z in x]
return x,y
dataDict = dict()
for root, dirs, files in os.walk("."):
for name in files:
if name.split('.')[-1]=='bz2':
base = os.path.basename( root )
myPath = (os.path.join(root, name))
bz = bz2.BZ2File( myPath, 'r' )
data = bz.read()
dataDict[ base ] = split_data( data )
myFmt = mdates.DateFormatter('%H:%M')
fig = plt.figure()
ax = fig.add_subplot( 1, 1, 1 )
for key, dt in dataDict.iteritems():
ax.plot( *dt , label=key )
ax.xaxis.set_major_formatter(myFmt)
for label in ax.get_xmajorticklabels():
label.set_rotation(30)
ax.set_ylabel('data (arb. u.)')
ax.set_xlabel('time')
ax.legend( loc=0 )
plt.tight_layout()
plt.show()
Предоставляя: 
Надеюсь, я понял правильно.