Метод remove()
удаляет весь документ из вашей коллекции
Таким образом, удаление родительского комментария работает, поскольку весь документ удаляется
Но для удаления ответаВы не хотите удалять документ, только один элемент из массива в документе - поэтому вам нужен метод update()
В частности, вам нужно использовать $pull
оператор для удаления элемента из массива
Таким образом, ваш ответ будет выглядеть примерно так (не зная, как выглядит ваша схема):
Comments.update({ _id: commentId }, { $pull: { replies: { _id: replyComntID } } })
См. mongo docs о том, как работает $ pull