Службы WCF JSON постепенно снижаются до уровня стандартной веб-службы, поэтому у вас не должно возникнуть проблем с использованием jQuery для публикации и получения данных из них. Вы можете потерять некоторые интеграционные навороты, но как человек, который пошел по пути, который вы предлагаете, я могу сказать, что совсем не скучаю по нему.
Единственная проблема может заключаться в том, что вы используете расширенную функцию WCF, например, двусторонние или гарантированные подключения.