Согласно комментарию @deceze, виртуальные среды не влияют на apt
операции.
При сборке из исходного кода любые скомпилированные двоичные файлы будут связаны с двоичными файлами Python этой среды.Поэтому, если ваша версия python virtualenv отличается от версии системы, и вы используете системный python (обычно проблемы с путями), вы можете столкнуться с ошибками компоновки во время выполнения.
Что касается изоляции, то это же свойство (двоичная совместимость) изолирует вас.от системных обновлений, которые могут изменить ваши системные двоичные файлы Python.Обычно мы стабильны в 2.x и 3.x, так что это вряд ли произойдет.Но имеет и может.
И, конечно, при сборке из исходного кода в virtualenv установленные пакеты сохраняются в этом virtualenv;никакие другие двоичные файлы Python не будут иметь доступа к этим пакетам, если вы не управляете своим путем или PYTHONPATH странными способами.