Как вы совершенно правильно отметили, Java включает в себя большое количество компонентов; Я не уверен, что вы сможете получить окончательный ответ, который прояснит все тонкости здесь.
Однако, исходя из различных лицензий, которые я читал до сих пор, Java теперь (как предполагается, полностью) поддерживается GPL, за исключением реализации SNMP, которая все еще обременена. Это включает в себя все элементы, которые вы указали, за возможным исключением Java EE. (Я не знаю много об этом)
Что касается состояния процесса; По-видимому, не наблюдается большого прогресса в замене реализации SNMP. Поэтому я бы придерживался мнения, что Java 6 не будет полностью совместима с GPL.
Похоже, что Java 7 будет полностью совместима с GPL, исходя из информации, которую предоставляет Sun. Но это не должно быть выпущено до 2010 года - и это ориентировочное время.