Использование SQLite через общий сетевой ресурс является опасной практикой из-за ошибочных реализаций программного обеспечения для обмена сетевыми файлами на компьютерах под управлением UNIX и Windows (что иногда приводит к сбою механизма блокировки SQLite).
Не удивляйтесь, если ваша база данных будет повреждена таким образом.
Итак, независимо от вашей текущей проблемы, я бы посоветовал вам изменить программное обеспечение, чтобы не использовать сетевой ресурс с SQLite.
Если вы все еще хотите использовать решение для общего сетевого ресурса - я бы предложил добавить Synchronous = Full pragma (или его эквивалент) в строку подключения, которую вы используете, чтобы SQLite сбрасывал все на диск синхронно.