Java-эквивалентом PHP является JSP - движки, такие как Tomcat, Jetty и Resin, могут интерпретировать веб-приложения Java (которые могут содержать страницы JSP), а JSP отправляют динамический контент веб-клиенту так же, как и движок PHP.
Но JSP просто компилируется в сервлет Java, который является типом объекта, который позволяет вам напрямую манипулировать объектами Request и Response, созданными из контейнера приложения (Tomcat, Jetty, Resin). Если вы помещаете HTML-код непосредственно в JSP, генерируется эквивалентный Java-код, который отправляет HTML-код в ответ.
Я думаю, вам следует начать с изучения сервлетов и веб-приложений - в частности, узнать, как организовано веб-приложение и как его можно развернуть в Tomcat. Всю эту информацию можно найти в руководстве Tomcat: вот ссылка на документацию для версии 5.5, я думаю, что они до 6 сейчас, но это первый, который Google дал мне, и это хорошо для изучения.
http://tomcat.apache.org/tomcat-5.5-doc/index.html
Прочтите первые четыре раздела, а также разделы о сервлетах и JSP.
Кроме того, вот довольно хороший учебник по сервлетам: http://www.apl.jhu.edu/~hall/java/Servlet-Tutorial/