У Combobox нет выделенного свойства, чтобы предотвратить это поведение, но в вашем случае должно работать HorizontalContentAlignment="Stretch"
.Теперь щелкнув по строке, вы установите / снимите флажок, и раскрывающееся меню останется открытым.
Полный пример:
<ComboBox HorizontalContentAlignment="Stretch">
<CheckBox Content="1" />
<CheckBox Content="2" />
<CheckBox Content="3" />
<CheckBox Content="4" />
<CheckBox Content="5" />
<CheckBox Content="6" />
</ComboBox>