MySQL и MariaDB - это разные продукты, и, похоже, они ведут себя по-разному в отношении первичных ключей.Вы используете сценарий MySQL DDL на сервере MariaDB, который официально не поддерживается Spring Batch.
Так что либо адаптируйте сценарий соответствующим образом (добавив первичные ключи вручную) и знайте, что Spring Batch не обязательно будет работатькак и ожидалось, поскольку он официально не поддерживает MariaDB или не открывает запрос функции в JIRA проекта для запроса поддержки MariaDB.