Это ошибка конфигурации, которая была исправлена в master и будет в следующей версии netCDF (4.6.2).Он должен проверять наличие curl.h в конфигурации, а не ошибки во время сборки.; -)
Обходной путь - включить каталоги curl include и lib в ваши CPPFLAGS и LDFLAGS.
CPPFLAGS='-I${H5DIR}/include -I/location/curl/include' LDFLAGS='-L${H5DIR}/lib -L/location/curl/lib' ./configure --prefix=${NCDIR}
Обратите внимание, что я добавил одинарные кавычки вокруг значений CPPFLAGS и LDFLAGS,так что мы можем включить несколько мест с пробелами между ними.