похоже, что Markdown.NET не избегает следующего:
<script>
что-то вроде проблемы ...
Есть ли другой способ генерации HTML из Markdown на сервере с ASP.NET?
Markdown явно разрешает HTML-разметку , поэтому: "... неправильно не исчезает ..." не совсем верно.
Это означает, что вы на крючке для дезинфекции самостоятельно. Вы даже можете использовать HTML-дезинфицирующее средство Stack Overflow , если хотите.