R: правый входной каталог загружает пустые input.files и count.table

Question

Я пытаюсь загрузить несколько файлов .tsv, а затем объединить список таблиц в один фрейм данных.Работа с нужным каталогом

"/Users/ecg1g15/samsa2/results"

Когда я запускаю следующее

input.dir <- paste (getwd (), 'step_5_output / RefSeq_results / func_results', sep = "/ ") </p>

input.files <- list.files (input.dir, pattern =" *. Tsv ", full.names = TRUE) </p>

input.filenames <- list.files(input.dir, pattern = "*. tsv", full.names = FALSE) </p>

input.names <- sapply (strsplit (input.filenames, "_"), "[", 1) </p>

Значения input.files и input.filenames являются пустыми значениями, и поэтому я создаю пустую таблицу count.table позже.

Я проверил, существуют ли эти файлы в input.directoryпуть (также проверяется в консоли путем ввода list.files (), эти файлы не являются пустыми файлами, и я работаю над правильным каталогом.

Кто-нибудь знает, как это исправить, или может подумать, где можнобыть проблема здесь?

Спасибо,

Елена

Answer 1

Делает что-то вроде этой работы:

library(readr)
library(dplyr)
file_names <- list.files(path = input.dir, pattern="*.tsv", recursive = TRUE, full.names = TRUE) 
your_data_frame <- do.call(bind_rows,lapply(file_names,read_tsv))

Я предпочитаю от read_tsv до read.tsv и bind_rows до rbind