Клонируйте свои репозитории TO правильный go/src/github.com/...
путь в вашей $ GOPATH и измените свой импорт на такой.Укажите на эти папки любое программное обеспечение VCS, которое вы используете, и сохраняйте репозитории внутри вашей $ GOPATH там, где они должны быть.Тогда не поддерживается две копии, только одна.Ваша IDE будет точно знать, куда идти, потому что все в одном месте.
Именно так $ GOPATH должен работать.В Go вы не храните папку своего проекта за пределами $ GOPATH, вы помещаете ее туда, куда она должна идти внутри .Это система папок проектов другого рода, но Go был спроектирован таким образом, поэтому лучше просто следовать парадигме, даже если поначалу это немного смущает.