Я не уверен, что это больше не так, MyISAM быстрее, чем InnoDB для чтения.
Кроме того, таблицы MyISAM хранятся в отдельных файлах, и (из того, что я помню) вы можете переносить эти файлы в другую базу данных MySQL, и их проще создавать для резервного копирования.
По умолчанию базы данных InnoDB хранятся в одном огромном глобусе в файловой системе.
Что касается того, почему он все еще широко используется, я всегда полагал, что это потому, что это опция по умолчанию. Лично я все еще верю, что преимущества InnoDB побуждают MyISAM и MyISAM также иметь проблемы с целостностью данных из моего опыта.