Нам удалось найти проблему.Таблица tbl_AccessMapping в базе данных для Project Collection содержала в себе другие значения, чем таблица tbl_AccessMapping в базе данных tfs_teamfoundationconfiguration (в частности, поле точки доступа).tfs_teamfoundationconfiguration была правильной, поэтому мы синхронизировали эти правильные значения с базой данных Коллекции проектов.
Это заняло некоторое время, я полагаю, из-за кэширования.Перезапуск IIS, скорее всего, исправит это быстрее.