Я бы использовал
git revert <UNWANTED_COMMIT_HASH>
, чтобы вернуться к предыдущей фиксации.Затем вы можете повторить коммит, добавив только те файлы, которые вам нужны.
Если это не сработает или я неправильно понял вопрос, пожалуйста, прокомментируйте и дайте мне знать.
Удачи!