Вам необходимо изменить конфигурацию файла .gitmodules
:
git config --file=.gitmodules submodule."SubmoduleName".path new/Root/Folder
Затем выполнить повторную синхронизацию:
git submodule sync
git submodule update --init --recursive --remote
Наконец, добавить, зафиксировать и нажать (от родителяСделки рЕПО)