Ваша ссылка на довольно старый выпуск EJBCA (v4.0, в отличие от 6.10.x для последней версии Community и 6.15.x для последней версии Enterprise). последний API EJBCA WS предоставляет метод createCA для создания корневого или подчиненного ЦС.Согласно документации, созданный ЦС является корневым ЦС, если аргумент signedByCAId
равен 1
, иначе - подчиненный.