Чтобы сделать это в PHP, вам нужно позвонить setCookie
<?php
$CookieName = "userName";
$userName = "Test";
$expireAt = time() + 300;
//setcookie(name, value, expire, path, domain, secure, httponly);
setcookie($CookieName, $userName, $expireAt, "/");
Подробнее здесь http://php.net/manual/en/function.setcookie.php
Или вы можете использовать js, который у вас есть, но он заключен вфункция, которая не вызывается, по крайней мере, не то, что я могу сказать.Поэтому, если вы сделали что-то похожее на приведенное ниже, оно просто устанавливает его при загрузке страницы.
<script>
var minutes = 5;
var dt = new Date();
var expireAt = new Date(dt.getTime() + minutes*60000);
document.cookie = "username=John Doe; expires=${expireAt}; path=/";
</script>
Edit
Я считаю, что вы хотите установить переменные в PHP, а затемположить это в сценарии JS.Это можно сделать, и вы были близки.
Если это страница, которую вы выводите, и она выглядит так, то вы можете заходить и выходить из php
<?php
//You are doing PHP here
$CookieName = "userName";
$userName = "Test";
$expireAt = time() + 300;
//This is stopping the php interpreter
?>
<!-- Here is html-->
<script>
//This is js on that html the <?= > opens php and you can access variables
document.cookie = `<?=$CookieName?>=<?=$userName?>; expires=<?=$expireAt?>; path=/`;
</script>