Разве это не работает, просто использовать оба?
FbGroups.joins(:fb_groups).where(id: [1,2]).where('fb_groups.id IN (?)', acct_ids)
PS Вы также можете использовать
FbGroups.joins(:fb_groups).where(id: [1,2]).where(fb_groups: {id: acct_ids})
или, поскольку оба where
s теперь используют хэш-аргументы:
FbGroups.joins(:fb_groups).where(id: [1,2], fb_groups: {id: acct_ids})