Если вы не копируете проект, то описание проекта, которое создает Eclipse, указывает исходный каталог в качестве местоположения проекта.Все сделанные вами изменения будут в этом исходном каталоге.
Информация о местоположении проекта хранится в метаданных рабочей области.На самом деле это не ссылка, а просто часть описания проекта.Точнее, он хранится в файле .metadata/org.eclipse.core.resources/projects/<project name>/.location
.
Вы можете увидеть местоположение в Свойствах проекта на странице Ресурсы в поле Местоположение.