Если вы используете эту договоренность:
<table runat="server" ID="tableElement">
</table>
тогда вы можете сделать что-то вроде этого:
HtmlTable table = (tableElement as HtmlTable);
table.Style.Add(HtmlTextWriterStyle.Display, "none");
table.Style.Add(HtmlTextWriterStyle.Visibility, "hidden");
Редактировать
В свете других предложений вы бы вместо этого использовали эту технику так:
table.Style.Add("class", "whatever");