В mac или linux используйте &&
ffmpeg -f concat -safe 0 -i input.txt -pix_fmt yuv420p -y ouput.mp4 -vf alphaextract c_mask.mp4 && ffmpeg -i output.mp4 -i output_mask.mp4 -filter_complex «[0: v] pad = iw * 2: ih [int]; [int] [1: v] оверлей = W / 2: 0» ouput1.mp4
Будьте осторожныне использовать одинаковые имена файлов: -)