Вы пропустили фильтр на CUSTFIELDID, так как вы ищете только INTERFACE MAINTAINED (4) и TRANSFER FLAG (7), поэтому вы должны добавить фильтры в это поле для обеих таблиц.
AND CWA.CUSTFIELDID(4,7) AND CWB.CUSTFIELDID(4,7)
ИЛИ Вы можетеприменить фильтр к CUSTFIELDNAME вместо CUSTFIELDID, например
AND CWA.CUSTFIELDNAME IN ('INTERFACE MAINTAINED', 'TRANSFER FLAG')
AND CWB.CUSTFIELDNAME IN ('INTERFACE MAINTAINED', 'TRANSFER FLAG')
Окончательный запрос -
select CWA.TABLEOBJECTID ,
CWA.CUSTFIELDID ,
CWA.CUSTFIELDNAME ,
CWA.CUSTFIELDVALUE ,
CWA.TABLENAME ,
CWA.TABLEOBJECTID
from az.CWCUSTFIELD CWA
inner join az.CWCUSTFIELD CWB on CWA.TABLEOBJECTID =CWB.TABLEOBJECTID
and CWA.CUSTFIELDID <> CWB.CUSTFIELDID
where CWA.tablename = 'EMPLOYEE'
and CWB.TABLENAME ='EMPLOYEE'
and CWA.CUSTFIELDVALUE = 'YES'
and CWB.CUSTFIELDVALUE = 'YES'
and CWA.CUSTFIELDNAME IN ('INTERFACE MAINTAINED', 'TRANSFER FLAG')
and CWB.CUSTFIELDNAME IN ('INTERFACE MAINTAINED', 'TRANSFER FLAG')