Я пытаюсь построить дерево филогении фанатского типа с барами непрерывной черты, используя plotTree.wBars в пакете 'phytools'.
Это дерево, которое мы используем:
> dput(test_tree)
structure(list(edge = structure(c(11L, 12L, 13L, 14L, 15L, 15L,
14L, 13L, 12L, 16L, 17L, 17L, 16L, 18L, 18L, 11L, 19L, 19L, 12L,
13L, 14L, 15L, 1L, 2L, 3L, 4L, 16L, 17L, 5L, 6L, 18L, 7L, 8L,
19L, 9L, 10L), .Dim = c(18L, 2L)), edge.length = c(1.757291759,
1.830253999, 3.814729475, 1.258073906, 1.578801783, 1.578801783,
2.836875689, 6.651605164, 0.9299003197, 4.927565734, 2.62439311,
2.62439311, 0.5692946282, 6.982664215, 6.982664215, 6.763011651,
3.476139272, 3.476139272), Nnode = 9L, tip.label = c("Melospiza_lincolnii",
"Melospiza_georgiana", "Melospiza_melodia", "Passerculus_sandwichensis",
"Ammodramus_maritimus", "Ammodramus_caudacutus", "Pooecetes_gramineus",
"Amphispiza_belli", "Pipilo_chlorurus", "Pipilo_erythrophthalmus"
)), class = "phylo", order = "cladewise")
Это данные, которые мы хотели построить для столбцов на кончике дерева:
> bird_c
Melospiza_lincolnii Melospiza_georgiana Melospiza_melodia Passerculus_sandwichensis Pooecetes_gramineus
428.1096 274.1982 331.4227 188.6693 230.2079
Amphispiza_belli Ammodramus_maritimus Ammodramus_caudacutus Pipilo_chlorurus Pipilo_erythrophthalmus
171.9857 203.9719 241.5768 287.9897 183.2187
> bird_lbm
Melospiza_lincolnii Melospiza_georgiana Melospiza_melodia Passerculus_sandwichensis Pooecetes_gramineus
1.282169 1.268344 1.511215 1.356981 1.378398
Amphispiza_belli Ammodramus_maritimus Ammodramus_caudacutus Pipilo_chlorurus Pipilo_erythrophthalmus
1.168792 1.376577 1.283301 1.483587 1.625312
Мой код следующий:
lbm=contMap(test_tree,bird_lbm, plot=FALSE)
plotTree.wBars(lbm$tree,bird_C*0.1,scale=0.1,method="plotSimmap",colors=lbm$cols)
Я могу построить деревос барами с этим кодом (type = phylogram), но когда я изменяю тип на веер, я получаю сообщение об ошибке "object 'add' not found".
Я нашел несколько примеров в Интернете, но я все еще получаюта же ошибка при запуске примеров, что означает ошибка?Чего мне не хватает?
Заранее спасибо.