Учитывая, что некоторым вашим необработанным данным может не хватать временного компонента, когда вы ожидаете, что он будет присутствовать при преобразовании в POSIXct, я не вижу никакого способа очистки ваших данных.Но вы можете попробовать выполнить очистку векторизованным способом, который может работать лучше:
clean_df$Local_time <- ifelse(nchar(clean_df$Local_time) == 10,
paste(clean_df$Local_time, "00:00:00"),
clean_df$Local_time)