В вашем server.r у вас есть
options(warn = -1)
packages = c("scales", "readr", "plotly", "editrules", "stringr", "jsonlite",
"devtools", "tidyr", "data.table", "rjson", "scales", "dplyr",
"gridExtra", "shiny", "ggplot2")
x = sapply(packages, function(x) if (!require(x, character.only = T))
install.packages(x))
rm(x, packages)
для установки необходимых пакетов, но после их установки эти пакеты не загружаются.
попробуйте это:
x = sapply(packages, function(x) {
if (!require(x, character.only = T)) install.packages(x)
require(x)
})
ps: я бы посоветовал поделиться своим репо на GitHub, чтобы другие не загружали его для просмотра кода.